Bin durch Zufall auf google-authenticator gekommen und dachte mir, dass es das wohl auch für den Raspberry geben müßte.
Stimmt natürlich, gibts alles:
bzw.
http://www.datageeks-msp.com/2013/04/11/using-google-authenticator-on-raspberry-pi/
Ich selbst hab es eigentlich nach der zweiten Variante gemacht und es hat alles auf Anhieb anstandslos hingehaut. Ich glaube, da gibt es einige (bzw. sehr viele) professionelle Lösungen, die nicht so unkompliziert funktionieren. Mal wieder dickes Lob!